Martin Pedersens Mindelegat blev stiftet af Martin Pedersen i 1964, men der var ingen uddelinger før efter hans død i 1968. I 1970 blev legatet kongeligt konfirmeret.

De første uddelinger efter legatets formålsbestemmelser fandt sted i 1971. De første år var der i alt omkring 100.000 kr. til uddeling til legatets tre formål.

I bestyrelsen har der altid siddet en repræsentant fra Martin Pedersens familie, en med erfaring fra bankvirksomhed og en jurist. Familiens repræsentant var Martin Pedersen indtil hans død i 1968. Han blev efterfulgt af sin datter, Ulla Rudén, der sad i bestyrelsen til sin død i 2000. Fra 2001 til sin død i 2012 sad hendes mand Alf Rudén i bestyrelsen. Siden hans død har Ulla og Alf Rudéns datter, Maria Rudén siddet i bestyrelsen.

Siden 1990 har bestyrelsen fået sagkyndig hjælp fra en indstillingsgruppe til udvælgelse af handelsansøgere. Siden 2008 er handelslegaterne givet til studieophold for handelsskoleelever.